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查人員確認該公司2006年存在未完工產品預售收入和已完工產品銷售收入，2007年、2008年全部收入均為已完工產品銷售收入，進而審核了2006年銷售臺賬，一區(qū)、二區(qū)的銷售收入在臺賬上統(tǒng)計為91672124.24元，三區(qū)銷售收入為58694148元。據此，檢查人員制作了《各年度企業(yè)所得稅收入明細表》，確認以下所得稅收入情況：
企業(yè)所得稅收入明細表
當年銷售收入 所得稅預售收入 所得稅銷售收入 其他業(yè)務收入
2006 137598226.36 58694148.00 106297723.24 300115.00
2007 148291923.24 206986071.24 304080.00
2008 14025760.85 14025760.85
合計 299915910.45 58694148.00 327309555.33 604195.00
第四步，審核并計算企業(yè)所得稅成本費用。
一是核帳。通過審核帳目記載，檢查人員歸納了成本帳列支總額：開發(fā)成本科目共計發(fā)生額為506541186.67元；管理費用、稅金等科目共計發(fā)生額26745125元。“開發(fā)成本”科目核算的內容包括：施工工程款2200萬元、大市政費32375470.4元和材料采購款437744659.3元三項。
接下來，檢查人員需要分別審核成本項目的明細內容。關于施工工程款，根據憑證與合同記載，該公司的開發(fā)項目由北京TT建筑集團有限公司總包建設，由于雙方為關聯公司，因此沒有簽訂建筑施工合同。檢查人員對“開發(fā)成本”科目進行審核后，確認了2008年向“北京TT建筑集團有限公司”支付過的4筆工程款為合法扣除項目，共計2200萬元。
關于預提費用，檢查人員查看了此筆核算的原始憑證，追問費用性質，并對這項費用的內容和支付情況作了詳細了解。最終確定這項預提屬于“大市政費”開支，金額32375470.4元。公司認為“大市政費”應當并入開發(fā)總成本，檢查人員根據國稅發(fā)（2009）31號文件第三十二條關于可以扣除的幾項預提（應付）費用的規(guī)定進行判定，認為不能作為預提費用扣除，應按實際發(fā)生成本計算。由于這筆費用并沒有實際支付，成本并未真實發(fā)生，因此應從總成本中剔除。
關于材料采購成本的問題，由于開支金額占到總成本的89%，金額巨大，引起了檢查人員的高度重視。詢問有關人員得知，該公司是以“自購原材料”的形式開發(fā)建設的，所以帳內出現大量材料采購支出。經過統(tǒng)計，各年度列支材料采購成本如下表：
年度 材料采購成本
2004 22780000.00
2005 5750340.00
2006 127300749.19
2007 133748945.86
2008 51204623.79
2009 119740000.46
合計 437744659.3
從以上調查可知，2008年項目全部建設完成，而2009年仍有1.1億元的材料采購發(fā)生，不合常理。檢查人員決定，必須專門的對這些支出從采購業(yè)務本身以及業(yè)務憑證的真實性方面做進一步嚴格審查。
二是核票。檢查人員開始對帳面每一筆材料采購支出都進行細致的調查分析工作，從開發(fā)工程的合同、發(fā)票入手，進行嚴密的憑證篩查，試圖找到證據解釋先前的合理懷疑。
在發(fā)票方面，檢查人員用了大量的時間和精力進行排查。翻閱了每一張原始票據，篩選出了348張金額較大的材料采購發(fā)票送國稅局科技處檢驗。國稅局對送檢的發(fā)票逐一甄別，并出具了驗票證明，答復檢查人員在送檢的發(fā)票中有27張發(fā)票為真票，其余321張發(fā)票存在以下兩類問題：*9，有80張發(fā)票的領購單位與開票單位不一致，涉及金額53898750.02元；241張發(fā)票系偽造發(fā)票，涉及金額147492101.81元，以上兩種形式違法發(fā)票共計201390851.83元。
三是虛假發(fā)票涉及業(yè)務真實性的審核
因為在開發(fā)成本的審核中發(fā)現了大量的虛、假發(fā)票，為了進一步審核其是否存在虛假業(yè)務、多列成本的行為，檢查組以發(fā)票為線索對其業(yè)務真實性進行了檢查，共計對20戶開票以及收款企業(yè)下發(fā)了檢查通知書進行協(xié)查，具體情況如下：
*9、先期準備。檢查組首先查詢到該公司共計在兩個銀行開立了三個賬戶，分別是中國郵政儲蓄銀行（2個）、北京農村商業(yè)銀行（1個）。
統(tǒng)計出發(fā)票的開具單位共104家（財務章），其中正常戶28家，證件失效17家，非正常2家，其余57家無稅務登記；
虛開發(fā)票的領購單位共29家，其中3家無稅務登記
第二、抽取一部分虛開發(fā)票的單位、收款單位審核業(yè)務的真實性
因偽造發(fā)票無法查詢領票單位，因此這一階段是到29家虛開發(fā)票單位了解業(yè)務情況。
自2010年8月公安局介入了前期的調查取證工作，并且成立了專案組?；槎迫w干部都進入了專案組工作。根據專案組工作要求，首先以虛開發(fā)票為線索開始調查，經協(xié)查銀行取得支票復印件，并經整理發(fā)現，在同一記賬憑證下的開票單位與收款單位不是同一單位。根據公安局取證要求，檢查組以開票單位為源頭開始了虛、假業(yè)務的審核工作，首先將虛開發(fā)票、銀行對賬單、支票存根、收款單位進行歸集，整理了60個檔案袋。將人員分為2組，每組2名公安人員、2名稅務人員，每天按照檔案袋中歸集的開票單位逐一協(xié)查。
截至到2010年10月底，已經協(xié)查了21家開票公司，其中正常戶11家，2家吊銷，非正常8家。對11家正常狀態(tài)公司下發(fā)了檢查通知書，其中8家公司與該公司無業(yè)務往來，也未開具發(fā)票，也未收到過款項，有2家公司沒有人員接收，1家名稱是“北京SSSS門窗廠”承認與該公司存在業(yè)務往來，并且取得了資金，為其提供了門、窗。經對開具發(fā)票、記賬發(fā)票、進賬單、帳簿的檢查，開票單位以及收款單位均是該公司，且發(fā)票金額與銀行進賬單、帳簿記載金額一致?？纱_認“門窗廠”確實與該公司存在業(yè)務往來，并且取得了該公司支付的材料款，只是為該公司提供的發(fā)票是關聯公司“ZZZZ門窗廠”的。
21家開票單位對應的收款單位涉及到15家公司，正常狀態(tài)9家，非正常6家，對9家正常狀態(tài)企業(yè)下發(fā)檢查通知書，只有2家企業(yè)送達，這兩家公司名稱為北京WWWKK水泥廠、北京WWWNN倉儲服務中心，公司法人介紹，他們都是以“項目部”的形式承建工程，其中一人承建了4棟樓，建筑面積18000米，曾取得工程款3000萬，但公司目前只有法人1個人，公司未曾設立賬簿，也無相關合同備查；另外一家承建了地下車庫，大約成本300萬元，但無相關資料。
通過*9階段工作可初步判定，收款款單位“項目部”確實與該公司存在經濟業(yè)務往來，為其施工建設并收到了工程款。
第三、以該公司銀行資金往來為線索，審核收入、資金支出以及虛、假發(fā)票涉及業(yè)務的真實性。
此項工作是與公安局一起于2010年10月底展開，歷時三個月。通過前一階段的工作發(fā)現，對于一些開票單位、收款單位檢查組無法聯系查找，登記的電話、地址等信息已經失效。通過電話找到的也以不在北京為理由不接受檢查。聯系上的單位也無法通過發(fā)票審核判定其存在虛假業(yè)務，銀行提供的對帳單也無法對資金性質進行判斷。因此這一階段主要是與公安一起到該公司的開戶銀行逐一審核其收款、支出情況，通過銀行收款與賬簿記載收入比對，審核收入真實性；通過銀行資金支出、收款方的協(xié)查，歸集整理收款方情況，并通過收款方的資金往來確認是否有真實業(yè)務。
收款情況。經到銀行逐一查詢、復印原始票據核實每筆資金流向，初步審核該單位2006年1月至2009年12月（不完全統(tǒng)計）共計入賬4億元，其中房款1.68億元、公司間往來2億元、
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